Neste game, o jogador conhece a história dos irmãos Point Man e Paxton Fettel. O segundo, como os fãs devem reconhecer, era o principal vilão do primeiro jogo da franquia, no qual Point Man agia como o protagonista que buscava eliminar Fettel. Agora, anos após os acontecimentos de F.E.A.R., Fettel, morto no primeiro game, retorna como fantasma, e busca ajuda de Point Man para encontrar a temível Alma.
F.E.A.R. 3 conta com foco no modo cooperativo, trazendo uma campanha estrelada pelos dois personagens. Cada um deles conta com um tipo de jogabilidade diferente. Point Man, por exemplo, traz controles convencionais para a franquia, apresentando um arsenal de armas militares e a possibilidade de diminuir a velocidade do tempo.
Já Fettel possui habilidades exclusivas para quem já passou dessa para uma melhor. Mesmo com um buraco na cabeça, o fantasma consegue enxergar alguns locais invisíveis para seu irmão. Cabe ao jogador que controla Fettel decidir se contará ou não o que acabou de ver. Além disso, a assombração pode lançar explosões psíquicas e controlar os corpos dos inimigos. Também é possível possuir as pessoas, tomando controle dos oponentes e assumindo seus ataques e movimentos.
As sequências com os trajes robóticos conhecidos como Mechas, de F.E.A.R. 2, também estão de volta. Agora, contudo, há uma exigência maior do jogo em relação ao jogador, obrigando-o a prestar mais atenção em seus movimentos e a administrar melhor sua munição. Em certos momentos, os dois irmãos controlarão estas máquinas, atacando inimigos como helicópteros e outros.
